Инновационную компьютерную технологию более быстрого и точного анализа большого объема генетических данных разработали два профессора, из Университета Мэрилендской медицинской школы и Национального института здоровья. Их совместная работа опубликована в журнале PLOS Computational Biology.
В последние годы объем генетической информации, доступной ученым, возрос в несколько раз. Появились быстрое и дешевые технологии сбора данных о растениях, животных и микробах. Шквал генетических сведений настолько велик, что ученым становится трудно быстро анализировать их, что, в свою очередь, сдерживает появление нужных лекарственных препаратов, пишет EurekAlert.
Генетики нашли лекарство от синдрома Ушера
Кейсы
Новая программа называется GISMO и работает на алгоритме семплирования по Гиббсу, которое используется для поиска биологических сигналов — значимых повторяющихся черт, помогающих ученым понять, как работает живой организм. Как утверждает профессор Эндрю Нойвальд, разработанный ими подход превосходит современные программы, которые, в отличие от GISMO, с легкостью могут принять произвольный элемент данных за биологически значимый сигнал.
Стандартные программы обычно сравнивают каждую последовательность с другой последовательностью, и на это уходит очень много времени. Метод Нойвальда и Альтшулера сравнивает последовательность с динамической статистической моделью. Такой метод не только быстрее, но и точнее отыскивает значимые биологические сигналы, которые могут стать ключом к лечению рака или врожденных заболеваний.