Ученые нашли способ ускорить разработку лекарств

Исследователи придумали новый метод расчета белкового взаимодействия, благодаря которому компьютер может в 10 раз быстрее предсказывать строение «сцеплений» белков в клетке. Работа была опубликована в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA, сообщает пресс-служба МФТИ.

«Новый подход позволяет моделировать взаимодействия белков на уровне генома. Это приведет к лучшему пониманию того, как функционируют наши клетки и позволит разрабатывать лекарства от болезней, вызванных „ошибочными“ белковыми взаимодействиями», — говорит Дмитрий Козаков, профессор университета Стони Брук и адъюнкт-профессор МФТИ.

Чтобы из всевозможных вариантов расположения двух больших молекул относительно друг друга получить такой, который существует в реальном мире, ученые решают следующую задачу: даны два белка с известной структурой. Необходимо предсказать, как будет выглядеть их «стыковка». Это так называемый метод жесткой стыковки, когда строение элементов задано и надо собрать из них выгодную конфигурацию. В научной терминологии такая задача называется «белок-белковый докинг».

На первый взгляд задача кажется простой и понятной: собрать такую структуру белков — дело техники, почти то же самое, что собрать детский конструктор. Но, по словам ученых, если провести аналогию с тем же LEGO, вычислительную сложность такой операции можно сравнить с составлением всех возможных пар из 10000 начальных блоков конструктора.

Получен белок, вызывающий смерть раковых клеток

Идея исследователей состояла в том, чтобы представить белки как сочетание «квантовых поверхностей» — некоторых блоков, описываемых математическим аппаратом квантовой механики. Такой подход позволяет одновременно рассчитывать взаимодействие многих пар белковых участков между собой, а не оценивать каждую пару независимо. Новый метод может работать до 100 раз быстрее лучших из существующих ранее, при этом оставаясь точным. По словам ученых, такая программа «считается» 15 минут на персональном компьютере и является серьезной альтернативой экспериментальным методикам определения белковых взаимодействий.

«В обычной клетке осуществляются тысячи различных белковых взаимодействий. Объяснение этих взаимодействий помогает описывать важные процессы: работу организма в целом и методов лечения некоторых заболеваний (например, рака)», — комментирует исследование Козаков.

Подписывайтесь
на наши каналы в Telegram

«Хайтек»новостионлайн

«Хайтек»Dailyновости 3 раза в день

Первая полоса
Новые правила блокировки в соцсети Х разозлили пользователей
Новости
В России хотят запретить соцсети для подростков и детей: как это будет работать
Новости
Астрономы обнаружили загадочный объект, мерцающий как фейерверк
Космос
Ученые выяснили, как перерыв в тренировках влияет на силу
Наука
Посмотрите на самый южный действующий вулкан на Земле из космоса
Космос
Алгоритм MIT определяет причины и последствия в сложных системах
Наука
Искусственный интеллект ответит, кто победил на выборах в США
Новости
Разработан «фитнес-трекер» для отдельных клеток
Наука
В Национальном центре «Россия» открылся симпозиум «Создавая будущее»
Новости
Посмотрите на странные фото Земли из космоса с расстояния 2 млн километров
Космос
WhatsApp выкатил обновление: оно упростит работу с чатами
Новости
Следы темной материи можно найти на кухне: ученые рассказали, как это сделать
Наука
Nvidia готовит ARM-процессоры для настольных ПК: названы сроки выхода
Новости
Появились ультралегкие и сверхтонкие солнечные батареи на основе кремния
Новости
На «Госуслугах» появилась форма для регистрации блогеров: как она работает
Новости
Астрономы рассмотрели необычно «гладкий» околозвездный диск
Космос
ИИ превращает скучные картинки и схемы в учебниках в анимацию
Наука
Посмотрите, как видеоблогер превратил старый трактор в электромобиль
Новости
Следы темной материи предложили искать в древних камнях на Земле
Наука
Ученые посчитали, за сколько лет обезьяна напишет «Гамлет»
Новости