Ученые нашли способ ускорить разработку лекарств

Исследователи придумали новый метод расчета белкового взаимодействия, благодаря которому компьютер может в 10 раз быстрее предсказывать строение «сцеплений» белков в клетке. Работа была опубликована в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA, сообщает пресс-служба МФТИ.

«Новый подход позволяет моделировать взаимодействия белков на уровне генома. Это приведет к лучшему пониманию того, как функционируют наши клетки и позволит разрабатывать лекарства от болезней, вызванных „ошибочными“ белковыми взаимодействиями», — говорит Дмитрий Козаков, профессор университета Стони Брук и адъюнкт-профессор МФТИ.

Чтобы из всевозможных вариантов расположения двух больших молекул относительно друг друга получить такой, который существует в реальном мире, ученые решают следующую задачу: даны два белка с известной структурой. Необходимо предсказать, как будет выглядеть их «стыковка». Это так называемый метод жесткой стыковки, когда строение элементов задано и надо собрать из них выгодную конфигурацию. В научной терминологии такая задача называется «белок-белковый докинг».

На первый взгляд задача кажется простой и понятной: собрать такую структуру белков — дело техники, почти то же самое, что собрать детский конструктор. Но, по словам ученых, если провести аналогию с тем же LEGO, вычислительную сложность такой операции можно сравнить с составлением всех возможных пар из 10000 начальных блоков конструктора.

Получен белок, вызывающий смерть раковых клеток

Идея исследователей состояла в том, чтобы представить белки как сочетание «квантовых поверхностей» — некоторых блоков, описываемых математическим аппаратом квантовой механики. Такой подход позволяет одновременно рассчитывать взаимодействие многих пар белковых участков между собой, а не оценивать каждую пару независимо. Новый метод может работать до 100 раз быстрее лучших из существующих ранее, при этом оставаясь точным. По словам ученых, такая программа «считается» 15 минут на персональном компьютере и является серьезной альтернативой экспериментальным методикам определения белковых взаимодействий.

«В обычной клетке осуществляются тысячи различных белковых взаимодействий. Объяснение этих взаимодействий помогает описывать важные процессы: работу организма в целом и методов лечения некоторых заболеваний (например, рака)», — комментирует исследование Козаков.

Подписывайтесь
на наши каналы в Telegram

«Хайтек»новостионлайн

«Хайтек»Dailyновости 3 раза в день

Первая полоса
Натрий-ионные аккумуляторы: плюсы и ограничения технологии
Технологии
Amazon запустил первые спутники для альтернативы Starlink
Космос
Зонд НАСА ищет темную материю в короне Солнца
Космос
Ученые выяснили, как мозг детей с аутизмом обрабатывает звуки
Наука
Неудачная советская миссия вернется на Землю после полувека в космосе
Космос
Рыбу, которую долгое время считали вымершей, сняли у побережья Индонезии
Наука
Инженеры разгадали тайну ограничений искусственного фотосинтеза
Наука
Рядом с нами нашли гигантское облако газа: что это такое
Космос
Ученые впервые создали «бомбу чёрной дыры»: зачем и что это значит
Космос
Посмотрите, как похороны Папы Римского выглядели из космоса
Космос
Женщина ушла от мужа к ChatGPT после 20 лет брака: «Он удовлетворяет меня лучше, чем человек»
Новости
«Яндекс» готовит софт для гуманоидных роботов и готовится к их производству
Новости
Кибермошенники придумали новую схему обмана граждан к 9 Мая
Новости
Загадочную аномалию наблюдали в соседней галактике: ее спутники нацелились в сторону Млечного Пути
Космос
Альтернативная теория объясняет взрывы килоновых и образование урана
Космос
Яндекс Браузер научили дублировать видео, сохраняя интонации спикера
Новости
В Китае разработали крошечных роботов-трансформеров: они могут ехать и летать
Новости
Российские компании подписали этический кодекс для безопасного использования ИИ в медицине
Новости
Анализ крови находит ранние признаки рака и оценивает эффективность лечения
Наука
Белый хакер: что это за профессия и сколько платят?
Мнения