Алгоритм VarQuest серьезно ускоряет поиск новых вариаций известных антибиотиков - эта методика призвана бороться с супербактериями, которые вырабатывают иммунитет к существующим лекарствам. Большой вклад в создание алгоритма внесли российские биологи из Центра алгоритмической биотехнологии при СПбГУ.
Устойчивые к известным антибиотикам микроорганизмы называют супербактериями, и их распространение — одна из самых серьезных проблем современной медицины. Такие бактерии вырабатывают механизмы сопротивления известным лекарствам (антибиотикорезистивность). Против них помогли бы новые виды антбиотиков. Однако поиск новых вариаций — очень трудоемкая задача без гарантированного результата, отмечает Futurism. Вернее — была таковой до настоящего времени, утверждают российские ученые.
![](https://hightech.fm/wp-content/uploads/2018/10/47600.jpg)
Водородные велосипеды попадут на массовый рынок через год-два
Кейсы
Статья о новом алгоритме поиска вариаций известных антибактериальных препаратов опубликована в журнала Nature Microbiology. В работе принимали участие пятеро ученых из России: Алексей Гуревич, Алла Михеенко, Александр Шлемов, Антон Коробейников и Павел Певзнер. Все они работают в Центре алгоритмической биотехнологии при СПбГУ. В этом исследовании россияне сотрудничали с Хосейном Мохимани из американского Университета Карнеги-Меллона.
Ученые нацелились на поиск новых вариантов известных пептидных антибиотиков. В пресс-релизе Мохимани утверждает. что разработанный учеными алгоритм VarQuest за несколько часов работы выявил в десять раз больше вариаций антибиотиков, известных как PNP (peptidic natural products), чем все исследования в этой области до настоящего момента. Традиционными методами такой объем исследований нарабатывался бы столетиями, подчеркивает он.
![](https://hightech.fm/wp-content/uploads/2018/10/47874.jpg)
Придуманную россиянами криптовалюту раздают по монете за 1000 шагов
Технологии
Всего ученые нашли более тысячи вариантов препаратов. Ранее появление даже одного варианта медицинское сообщество встречало как новую надежду в битве с супербактериями. «Наши результаты показали, что антибиотики, которые вырабатывают бактерии, намного более разнообразны, чем предполагалось ранее», — указывает Мохимани. По его оценке, одно из важнейших свойств VarQuest — способность указать исследователям на паттерны, которые в противном случае остались бы незамеченными.
VarQuest работает на основе базы данных Global Natural Products Social (GNPS), запущенной в 2016 году. Исследователи со всего мира вносят туда данные масс-спектрометрии полученных органических веществ. «Теперь исследования органики — территория Big Data, и область знаний надо подготовить к этой трансформации в плане сбора (образцов), их хранения и осмысления с учетом Big Data», — говорит Мохимани.
![](https://hightech.fm/wp-content/uploads/2018/10/47508.jpg)
В мозге обнаружен механизм, отвечающий за творческое мышление
Кейсы
О том, что бактерии учатся противостоять антибиотикам, было известно давно, но у медиков всегда был экстренный вариант — карбапенемы, антибиотики с широким спектром действия. Однако по итогам 2016 года в США были зафиксированы сотни смертей от новой энтеробактерии, которая никак не реагировала на все существующие антибиотики.