Эту должность Клименко занимал с начала 2016 года. Бывший чиновник прокомментировал изданию RNS, что в дальнейшем планирует заняться развитием проектов в сфере цифровой медицины. «За 3.5 года я проговорил с более чем 1000 врачей. С кем то бегло, с кем то очень плотно. Я уверен что прорыв в медицине будет самым важным и мощным для интернет-технологий и для страны. У нас есть прекрасные шансы выйти с работающими продуктами на мировой рынок, при этом обеспечив в России резкое улучшение качества диагностики онкологии и иных заболеваний», — написал Клименко на своей странице в Facebook.
Владимир Путин создал должность советника президента по развитию интернета в декабре 2015 года, Клименко стал первым человеком, который занимал этот пост. До этого он руководил интернет-сервисами Live Internet и MediaMetrics.
Кроме того, в 2014 году Клименко возглавил совет директоров «AllinOne Network», развивающей проекты в области E-commerce для фармацевтического розничного рынка России и рынка коммерческой медицины, а также в области digital-рекламы для фармацевтического и медицинского рынков. В 2016 году стало известно, что Клименко был быть причастен к работе торрент-трекера Torrnado.ru.
В апреле 2018 года бывший замглавы Роскомнадзора Максим Ксензов раскритиковал Клименко, заявив, что тот не имеет никакого отношения к переговорам с интернет-отраслью и отдельными активными пользователями.
Герман Клименко на своем посту часто делал резкие заявления относительно работы популярных интернет-сервисов, а в 2016 году предложил россиянам быть готовыми к отключению от всемирного интернета. После вступления в силу на территории России решения суда о блокировке мессенджера Telegram Клименко посоветовал всем переходить на ICQ, поскольку «в ближайшее время сервис Дурова потеряет до 90% своих пользователей».