Пятого апреля зонд произвел выстрел по астероиду с высоты 500 м пенетратором SCI (Small Carry-on Impactor), состоящим из медного снаряда массой 2,5 кг и 4,5-килограммового заряда взрывчатого вещества. Снаряд врезался в Рюгу со скоростью 2 км/час.
Взрыв оставил небольшой кратер на Рюгу, в который позже сядет зонд и соберет частицы астероида. После взрыва «Хаябусе-2» пришлось совершать маневры около астероида, чтобы избежать столкновения с осколками.
Недавно команда миссии «Хаябуса-2» показала результаты первого месяца работы зонда на орбите вокруг астероида Рюгу. Инженеры представили тепловую карту Рюгу. Оказалось, что на поверхности астероида намного больше скальных обнажений, чем думали ученые. Помимо этого, температура грунта колеблется от комнатной до 100 °С.