На сегодняшний день коронавирус нового типа стал причиной 3,9 млн смертей во всем мире. В начале пандемии расследование происхождения SARS-CoV-2 препятствовало отсутствие доступа к информации из Китая, где впервые появились случаи заболевания.
Теперь исследователь из Сиэтла обнаружил удаленные файлы из Google Cloud, которые раскрывают 13 частичных генетических последовательностей некоторых из самых ранних случаев COVID-19 в Ухане.
Последовательности не склоняют чашу весов к одной из многих теорий о том, как возник SARS-CoV-2, или от нее. Например, они не подтверждают теорию об утечке вируса из лаборатории с высоким уровнем безопасности в Ухане. И все же данные говорят о том, что коронавирус нового типа циркулировал еще до того, как была обнаружена первая крупная вспышка инфекции на рынке морепродуктов в провинции Китая.
Чтобы точно определить, как и где произошел вирус, ученым необходимо найти так называемый вирус-предшественник, от которого произошли все остальные штаммы. До сих пор самые ранние последовательности были в основном взяты из случаев на рынке морепродуктов Хуанань в Ухане. Первоначально предполагалось, что SARS-CoV-2 впервые появился в конце декабря 2019 года. Однако случаи заболевания с начала декабря и до ноябрь того же года не имел никаких связей с рынком. Это указывает на то, что вирус появился из другого места.
Случаи, обнаруженные на рынке, включают три мутации, которые отсутствуют в образцах вирусов, выявленных неделями позже за пределами рынка. Вирусы без мутаций точнее соответствовали коронавирусам, обнаруженным у подковообразных летучих мышей. Ученые уверены, что новый коронавирус каким-то образом возник от летучих мышей, поэтому логично предположить, что у прародителя также не было этих мутаций.
А теперь Джесси Блум из Медицинского института Говарда Хьюза в Сиэтле обнаружил, что данные об удаленных последовательностях (вероятно, некоторые взяты из самых ранних образцов вируса) также лишены этих мутаций.
Около года назад 241 генетическая последовательность от пациентов с коронавирусом пропала из онлайн-базы данных Sequence Read Archive, которая поддерживается Национальными институтами здравоохранения (NIH).
Блум заметил недостающие последовательности, когда наткнулся на электронную таблицу в исследовании, опубликованном в мае 2020 года в журнале PeerJ. Они были частью проекта Уханьского университета PRJNA612766 и, предположительно, были загружены в архив. Ученый поискал последовательности в базе данных архива и получил сообщение «Элементы не найдены».
Его расследование показало, что удаленные последовательности собраны больницей Уханьского университета. При этом препринт исследования, опубликованного на основе этих последовательностей, предполагает, что они взяты из образцов мазков из носа от амбулаторных пациентов с подозрением на COVID-19 в начале эпидемии.
Блум не смог найти никакого объяснения того, почему последовательности были удалены и его электронные письма авторам исследования с запросами не получили ответа.
Ученый отмечает, что «нет убедительной научной причины для удаления данных». Дело в том, что последовательности полностью соответствуют образцам, описанным работе. В документе нет исправлений. Кроме того, в исследовании подчеркивается, что образцы получены от людей добровольно, а секвенирование не показывает доказательств плазмидного загрязнения или контаминации образцов. «Кажется вероятным, что последовательности были удалены, чтобы скрыть их существование», — заключает Блум.
Статья с его выводами опубликована на сайте препринтов biorxiv.
Читать далее
В Солнечной системе замечена самая большая комета за всю историю: это почти планета
Новый метод мгновенно превращает углерод в графен или алмазы
Найден недорогой способ избавить центры мегаполисов от перегревания