В Индии появился второй штамм коронавируса: его назвали дельта плюс. Первый штамм распространился в России и сейчас фактически вытеснил все остальные разновидности SARS-CoV-2. Рассказываем, что известно об обоих штаммах и чем они угрожают.
Первый индийский штамм
Дельта (B.1.617.2) — это новый вариант коронавируса SARS-CoV-2, впервые обнаруженный и описанный в Индии. Для него характерна значительно повышенная заразность, если сравнивать с исходным уханьским и даже «британским» (альфа, B.1.1.7) вариантами.
16 июня 2021 года «Медвестник» сообщил, что доля индийского штамма дельта (B.1.617 по классификации Pango) за последние четыре недели составила в России 63,2%, о чем указано на международной платформе GISAID, которая обеспечивает открытый доступ к геномным последовательностям вирусов гриппа и коронавируса и географическим данным распространения вариантов коронавируса.
В базе проекта Бернского и Базельского университетов Швейцарии CoVariants указано, что доля индийского штамма дельта из секвенированных образцов составляла в России во второй половине мая 2021 года 66%.
По данным Российского консорциума по секвенированию геномов SARS-CoV-2 (Coronavirus Russian Genetic Initiative, CoRGI), индийский вариант дельта занимал чуть больше половины (52%) в образцах, полученных в мае, и больше 90% в июне 2021 года.
Второй индийский штамм
14 июня 2021 года в Индии был обнаружен мутировавший вариант B.1.617.2, который известен как вариант AY.1, или дельта плюс. Он отличается наличием в спайковом белке мутации K417N, которая способна снижать активность антител у переболевших и вакцинированных людей.
Минздрав пока не относит ее к категории мутаций, вызывающих озабоченность. Дельтой плюс он назван потому, что использует восемь мутаций спайк-белка, а обычный дельта-вирус — только шесть.
Представители правительства штата сообщили, что для секвенирования генома было отправлено больше образцов вируса: планируется выяснить, является ли новый вариант доминирующим.
Для сдерживания распространения коронавируса власти создали специальные зоны и опечатали районы, где был обнаружен новый вариант коронавируса.
Откуда появились оба штамма?
Вариант дельта был впервые обнаружен в Индии осенью прошлого года — первый геном был опубликован в международной базе GISAID 7 октября 2020 года. Это однако не значит, что новая разновидность SARS-CoV-2 возникла в той же стране, штамм в Индии только обнаружили.
Первые случаи инфицирования дельтой плюс были зарегистрированы в четырех районах штата Махараштра в центральной части Индии.
Чем опасны индийские штаммы?
Первый индийский штамм имеет множество мутаций. На сегодняшний день известно, что вариант дельта в шесть раз заразнее уханьского, британского, южноафриканского и бразильского штаммов. Он вызвал рекордную волну эпидемии в Индии этой весной и сейчас распространяется во многих странах, вытесняя другие штаммы.
По данным GISAID, лидеры по числу отобранных образцов индийского штамма — Великобритания, США, Германия, Сингапур, Канада и Россия.
Отмечается характерная для варианта дельта мутацию P681R в районе общей для всех вариантов так называемой фуриновой вставки. Эта вставка — небольшой фрагмент S-белка, в котором перед проникновением в клетку может проходить его разрезание.
Сторонники лабораторного происхождения SARS-CoV-2 рассматривают эту вставку как один из аргументов в пользу того, что вирус был искусственно «улучшен» исследователями, которые пытались сделать его более заразным для клеток человека.
Аргументация строилась на том, что этой фуриновой вставки нет у ближайших родственников SARS-CoV-2, а она при этом облегчает разрезание S-белка и влияет на заразность (подобный участок, впрочем, встречается у других коронавирусов).
Главное, что отличает вариант дельта от дельты плюс, — мутация K417N. Это мутация в гене шиповидного белка, которая ведет к замене аминокислоты лизин (К) на аминокислоту аспарагин (N) этого белка в позиции 417, которая находится в так называемом рецептор-связывающем домейне (receptor-binding domain — RBD), который отвечает за связывание вириона с рецепторами на поверхности клеток человека, рассказал профессор кафедры геномики и биоинформатики СФУ, профессор Геттингенского университета Константин Крутовский.
Насколько сильно штаммы распространились по России
- Дельта
В России, по данным Открытого российского консорциума по секвенированию геномов SARS-CoV-2, в мае на дельту приходилось чуть больше половины всех случаев (52%), а в июне — больше 90%.
Эти данные однако были получены по итогам исследования только в Санкт-Петербурге. О растущем распространении дельты в России свидетельствуют и данные международного мониторинга портала Nextstrain.org.
Аналитик данных Сергей Шпилькин на основе данных GISAID, изучающей геномы вирусов, посчитал, что доля индийского штамма в России удваивается раз в 5-6 дней. «Без принятия дополнительных мер мы будем иметь удвоение числа заболевших за те самые 5-6 дней», — сообщил он.
- Дельта плюс
Как сообщают индийские СМИ, 36 образцов, содержащих геном дельта плюс, были найдены в Англии. Другие случаи связывают с поездками в Непал, Турцию, Малайзию и Сингапур. Также некоторые образцы пришли из Европы и Америки, что говорит о широкой распространенности этого варианта. Сообщений о заражении дельтой плюс в России на данный момент не было.
Отличия в симптомах
У индийского штамма коронавируса — совсем другие симптомы. В Великобритании, где штамм дельта стал доминирующим, больные теперь чаще всего жалуются на головную боль, боль в горле, повышенную температуру и насморк.
Симптомы классического ковида — потеря обоняния и сухой кашель — теперь встречаются намного реже, из-за чего коронавирус легко принять за простуду или обычный грипп, пишет The Mirror со ссылкой на ученых из Королевского колледжа Лондона.
Источником разговоров о том, что заражение вариантом дельта приводит к несколько иным симптомам, чем заражение другими вариантами SARS-CoV-2, стал, по-видимому, Тим Спектр, сотрудник Королевского колледжа в Лондоне. Слова Спектра пока не были подтверждены ни научными публикациями, ни даже пресс-релизом проекта по отслеживанию симптомов.
В Роспотребнадзоре заявили, что при заражении штаммом дельты пациенты жалуются на боли в животе и суставах, тошноту и потерю аппетита и слуха. Специалисты ссылаются на данные индийских врачей: в Индии у пациентов часто встречается диарея, а высокая температура, кашель и потеря обоняния — реже.
Работают ли вакцины против индийский штаммов
Вариант дельта также способен частично уходить от естественного и вакцинного иммунитета, что проявляется, например, в том, что одной прививки для надежной защиты в его случае оказывается недостаточно, она наступает только после введения второй дозы.
Полностью иммунизированные люди по-прежнему защищены от тяжелого течения болезни, хотя некоторое небольшое снижение эффективности (относительно появления симптомов) видно в статистике и по таким людям.
В ВОЗ призывают дождаться результатов более детальных исследований — пока нет доказательств того, что вакцины не действуют. Однако российские ученые 18 июня заявили, что новые мутации коронавируса снижают эффективность вакцин, разработанных и протестированных в отношении более ранних штаммов.
Глава компании BioNTech Угур Сахин в апреле также заявлял, что уверен в эффективности вакцины Pfizer против индийского штамма. Однако, отмечает CNBC, на тот момент у компании не было достаточных данных о варианте дельта.
По мнению индийских ученых, дельта плюс уклоняется от лечения моноклональными антителами от СOVID-19. Но это еще требуется доказать.
Читать далее
В Солнечной системе замечена самая большая комета за всю историю: это почти планета
Новый метод мгновенно превращает углерод в графен или алмазы
Найден недорогой способ избавить центры мегаполисов от перегревания