Новый метод секвенирования ДНК сохраняет расположение клеток в тканях

Авторы новой работы создали свою технику секвенирования ДНК с пространственным разрешением, ее назвали slide-DNA-seq.

Новый подход к секвенированию ДНК — Slide-DNA-seq — анализирует срезы неповрежденной ткани, в которых каждая клетка остается на своем первоначальном месте. Это отличает подход от обычных методов секвенирования, где клетки диссоциируются перед извлечением ДНК. 

Во время использования метода авторы применили мельчайшие шарики, каждый из которых был помечен уникальным пространственным штрих-кодом и прикреплен к специально подготовленным предметным стеклам, для захвата ДНК из ткани.

Каждый шарик размером с клетку. Вместе они похожи на пиксели на камере, которая делает снимки геномных изменений в каждой клетке ткани. 

Фэй Чен, сотрудник Института Брода

После фиксации геномных изменений исследователи использовали метод Slide-seq на основе РНК, его разработали еще в 2019 году. В нем используются профили экспрессии генов, чтобы определить и распознать типы и подтипы клеток в срезе ткани.

Мы можем использовать одни и те же  шарики для захвата транскриптома из каждой клетки, а также объединить эти два измерения в мультимодальное изображение. 

Фэй Чен, сотрудник Института Брода

Иначе говоря, исследователи могут видеть изменения как в ДНК клеток, так и в экспрессии генов.

Исследователи применили эту технику к модели метастатического рака у мышей, а также к образцу первичной опухоли у пациента с колоректальным раком. В каждой ткани исследователи смогли идентифицировать субпопуляции раковых клеток в различных регионах, соответствующих уникальным эволюционным путям генома и состояниям экспрессии генов.

Читать далее

Зонд Mars Express «пообщался» с китайским ровером на Красной планете

Исследование из Китая: штамм омикрон обходит защиту от вакцинации и перенесенного COVID-19

Посмотрите на рыбу с прозрачным лбом: ее мозг и глаза видно сквозь голову

Подписывайтесь
на наши каналы в Telegram

«Хайтек»новостионлайн

«Хайтек»Dailyновости 3 раза в день

Первая полоса
Найдена странная клеточная сущность на грани жизни
Наука
Ученые раскрыли тайну странного поведения у акул
Наука
Госдума утвердила закон о едином магазине приложений: RuStore становится обязательным
Новости
Путин утвердил запуск цифрового сервиса: мессенджер, «Госуслуги» и ID в одном приложении
Новости
Астрономы раскрыли тайну рождения редких двойных горячих юпитеров
Космос
В янтаре нашли следы грибков-зомби, которым 99 000 000 лет
Наука
Google выпустила автономный «мозг» для роботов: новая модель работает без сети
Новости
В Сингапуре открыли способ омолодить сердце, не меняя клетки
Наука
Возраст стоянки древних людей в Красноярске увеличили на 10 000 лет
Наука
Стартап представил технологию, делающую кровь «прозрачной» во время операций
Наука
Посмотрите, как притягиваются одноименно заряженные частицы
Наука
Наша Вселенная прибыла из другого мира: теория мироздания оказалась неверна
Космос
Появилась безопасная альтернатива препаратам от диабета и ожирения
Наука
Посмотрите на миллионы звезд и 2000 астероидов в беспрецедентном качестве
Космос
Облик древнего существа впервые восстановили в лаборатории: ему 580 млн лет
Наука
Спрос на специалистов по безопасности ИИ в России вырос в четыре раза
Новости
Опасный астероид может столкнуться с Луной вместо Земли: это угрожает спутникам
Космос
Строение перьев совы скопировали для разработки универсальной шумоизоляции
Наука
Популярный антидепрессант нарушил созревание половых клеток у мышей
Наука
На орбиту впервые отправили квантовый компьютер
Космос