Строительством «Академика Агеева» Канонерский судостроительный завод занимался вместе с инженерами петербургского предприятия «Пелла», оно велось с 2015 года.
Впервые судно неофициально спустили на воду в декабре 2017 года, однако вскоре вернули на доработку. Сроки принятия «Академика Агеева» на вооружение Главным управлением глубоководных исследований Министерства обороны России не раскрываются.
Технические характеристики и какие-либо данные об устройстве и назначении корабля неизвестны — проект частично засекречен.
Ранее Военно-морской флот (ВМФ) впервые раскрыл характеристики российских универсальных десантных кораблей, строительство которых начнется в 2020 году. Планируется, что на их палубе смогут разместиться 20 боевых вертолетов, а также две роты десанта общей численностью до 900 человек.