Диагностическое тестирование на SARS-CoV-2, вирусный патоген COVID-19, имеет решающее значение для обнаружения вируса, понимания его эпидемиологии, информирования о случаях заболевания и подавления передачи. Диагностика в настоящее время основывается главным образом на методах, включающих ОТ-ПЦР (количественная ПЦР с обратной транскрипцией), но их возможности ограничены доступностью средств и инструментов высокого уровня.
Исследователи оценили RT-LAMP (изотермическая амплификация с помощью обратной транскрипционной петли) для выявления геномной РНК (рибонуклеиновой кислоты) SARS-CoV-2. RT-LAMP — это одностадийный метод амплификации нуклеиновых кислот, который используется при диагностике инфекционных заболеваний, вызываемых бактериями или вирусами.
Исследователи впервые разработали наборы праймеров LAMP для геномных областей, специфичных для SARS-CoV-2, по сравнению с другими патогенными коронавирусами человека. Благодаря последующему скринингу на чувствительность и время реакции они обнаружили два многообещающих набора праймеров LAMP. Затем они оптимизировали реакции RT-LAMP для каждого из двух наборов и оценили предел обнаружения и специфичность к другим коронавирусам.
Анализы RT-LAMP в этом исследовании были способны обнаружить до 100 копий РНК SARS-CoV-2. Перекрестная реактивность анализов RT-LAMP с другими коронавирусами человека не наблюдалась. Наборы праймеров использовались в качестве отправной точки и в сочетании с кристаллическим фиолетовым колориметрическим детектированием, что может увеличить пропускную способность теста. Реакцию можно проводить и интерпретировать с помощью очень простого инструмента, включая водяную баню. Эффективность анализов может быть дополнительно изменена путем принятия других методов обнаружения и использования других ферментных систем.
«Тесты на амплификацию изотермических нуклеиновых кислот, такие как RT-LAMP, потенциально могут быть использованы в местах оказания медицинской помощи с чувствительностью, сравнимой с чувствительностью современных тестов ОТ-ПЦР. Хотя правильное извлечение образца РНК все еще необходимо, наш метод RT-LAMP потенциально может быть использован в децентрализованных испытательных центрах, чтобы обеспечить более быстрые услуги тестирования большему количеству людей. Несмотря на то, что ОТ-ПЦР является золотым стандартом для обнаружения патогенных микроорганизмов из-за их высокой чувствительности и специфичности, все еще существуют некоторые недостатки этого метода. В том числе, централизованные испытательные лаборатории с такими средствами, как надежное электроснабжение, дорогостоящие приборы и обученный персонал, необходимы для правильного выполнения тестов ОТ-ПЦР».
Джин Су Маенг, Центр конвергентных исследований новых вирусных инфекций, Корейский научно-исследовательский институт химической технологии, Тэджон, Республика Корея
В идеале, скрининговые тесты должны быть не только чувствительными, но также простыми и быстрыми, чтобы они могли быть выполнены в местах оказания медицинской помощи. Основная цель этого исследования состояла в том, чтобы определить метод с высоким диагностическим потенциалом, который может работать в децентрализованных учреждениях.
ОТ-ПЦР измеряет количество конкретной РНК, полимерной молекулы, необходимой для выполнения различных биологических ролей в кодировании, декодировании, регуляции и экспрессии генов. Другие молекулярные анализы, которые обнаруживают патоген, также находятся в разработке. В данный момент в Москве тестируется лечение от коронавируса плазмой переболевших людей, а во всем мире пробуют разные препараты, пока без особой эффективности.